綜觀我國醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)存在的問題，主要表現(xiàn)為：企業(yè)規(guī)模小、產(chǎn)業(yè)集中度低、產(chǎn)業(yè)運(yùn)行效益不高、產(chǎn)業(yè)發(fā)展受政策波動(dòng)的影響大。
　　1999年11月15日，中美雙方就中國加入世貿(mào)組織簽署協(xié)議，其中，我國政府在醫(yī)藥領(lǐng)域主要有五方面的承諾：一是保護(hù)藥品知識(shí)產(chǎn)權(quán)；二是降低藥品進(jìn)口關(guān)稅；三是2001年取消進(jìn)口大型醫(yī)療設(shè)備的行政管制；四是2004年12月起開放藥品分銷服務(wù)；五是開放醫(yī)療服務(wù)。
　　截至當(dāng)前，我國政府很好地履行了入世承諾。
　　在藥品知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)方面，我國早在1993年1月1日實(shí)施的新修改的《專利法》就對藥品化合物實(shí)施了專利保護(hù)。同時(shí)，根據(jù)1992年中美簽署的《中美知識(shí)產(chǎn)權(quán)備忘錄》，我國對1993年以前的藥品發(fā)明給予追溯性的藥品行政保護(hù)作為彌補(bǔ)，從而為藥品知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)建立了重要的法律制度。

　　在降低藥品進(jìn)口關(guān)稅方面，1999年，我國藥品的平均進(jìn)口關(guān)稅在19%左右，而目前藥品進(jìn)口最惠國稅率基本在3%～6%之間，其中稅則號(hào)30066010和30066090的稅率為0，稅則號(hào)30067000的稅率為6.5%，稅則號(hào)30069100的稅率為10%，進(jìn)口關(guān)稅大幅降低。
在取消進(jìn)口大型醫(yī)療設(shè)備的行政管制方面，目前，我國對單件設(shè)備2萬美元以上，一次合計(jì)20萬美元以上大型醫(yī)療設(shè)備取消了進(jìn)口審批權(quán)，大型醫(yī)療設(shè)備的進(jìn)口基本沒有障礙。

　　外商可在中國從事藥品采購、倉儲(chǔ)、運(yùn)輸、配送、批發(fā)、零售和售后服務(wù)。2004年12月，美國美華醫(yī)藥公司以100萬美元全資收購北京萬維醫(yī)藥有限公司，成為首家獨(dú)資進(jìn)入我國醫(yī)藥分銷領(lǐng)域的外資公司；2005年4月，日本住友與河南最大的醫(yī)藥流通企業(yè)之一天方藥業(yè)集團(tuán)公司簽訂了《股份購買協(xié)議》；2006年，舒普瑪控股貴州一樹連鎖醫(yī)藥公司51%的股份；2007年1月，英國最大藥品分銷和零售公司之一的聯(lián)合博姿（AllianceBoots）宣布與我國第三大藥品批發(fā)公司廣州醫(yī)藥有限公司組建合資企業(yè)。2008年又與上海榮恒醫(yī)藥公司成立了合資公司。由于我國醫(yī)院仍然是藥品終端銷售的主要渠道，所以，外資在進(jìn)入藥品分銷領(lǐng)域的態(tài)度還比較謹(jǐn)慎。

　　我國醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)是遭受國外對華貿(mào)易救濟(jì)措施的重災(zāi)區(qū)之一，我國遭受的第一起反傾銷案就發(fā)生在醫(yī)藥領(lǐng)域，即1979年8月歐共體對從我國進(jìn)口的糖精鈉實(shí)施反傾銷。我國遭受的國外第一起反壟斷案也發(fā)生在醫(yī)藥領(lǐng)域，即2005年年初，美國Ranis公司和AnimalScienceProductsInc.公司控告我維生素C出口企業(yè)高價(jià)壟斷維生素市場。根據(jù)中國醫(yī)藥保健品進(jìn)出口商會(huì)的統(tǒng)計(jì)，1990年至2008年12月底，我國醫(yī)藥保健品共遭受53起國外反傾銷調(diào)查，我國企業(yè)參加應(yīng)訴的有26起，應(yīng)訴率不到50%，而在應(yīng)訴的案件中完全勝利的只有2起，對方主動(dòng)終止調(diào)查的4起。

　　在我國對外實(shí)施反傾銷等貿(mào)易救濟(jì)措施方面，只有2007年6月16日起對原產(chǎn)于印度的進(jìn)口磺胺甲0惡唑征收反傾銷稅這一起案件贏得勝利。
　　企業(yè)規(guī)模嚴(yán)重偏小。我國醫(yī)藥制造企業(yè)普遍規(guī)模較小。根據(jù)中國企業(yè)聯(lián)合會(huì)、中國企業(yè)家協(xié)會(huì)發(fā)布的《2006中國企業(yè)500強(qiáng)名單》來看，進(jìn)入500強(qiáng)榜單的以醫(yī)藥為主業(yè)（含醫(yī)藥商業(yè)企業(yè)）的企業(yè)只有10來家，其中以醫(yī)藥制造業(yè)為主業(yè)的只有華北制藥集團(tuán)和新華魯抗醫(yī)藥集團(tuán)，分別排在第441和475名，其營業(yè)收入分別為68.1億和63.7億元人民幣，都不到500強(qiáng)平均營業(yè)收入的1/4。據(jù)國家統(tǒng)計(jì)局的統(tǒng)計(jì)，2005年，我國醫(yī)藥生產(chǎn)大型企業(yè)僅為55家，不到全部國有和規(guī)模以上醫(yī)藥企業(yè)數(shù)的1%。從國際對比來看，2007年美國輝瑞公司的收入是486億美元，是華北制藥集團(tuán)的54倍。

　　產(chǎn)業(yè)集中度較低。近年來，我國醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的集中度呈現(xiàn)逐步下降的趨勢，2005年前5強(qiáng)企業(yè)銷售收入占比不到9%，前100強(qiáng)企業(yè)占比不到40%，分別較2002年下降了約2個(gè)和4個(gè)百分點(diǎn)。大型醫(yī)藥企業(yè)的銷售收入占比大幅下滑，從2002年的46.2%，下降到2005年的20.8%。從國際水平來看，2007年全球前10大制藥企業(yè)銷售收入占當(dāng)年全球藥品銷售收入的40%，而我國前10大醫(yī)藥企業(yè)市場集中度不到14%，其集中度是我國的近3倍。
　　產(chǎn)業(yè)運(yùn)行效益不高。醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)公認(rèn)為是高利潤、高回報(bào)的產(chǎn)業(yè)，但在我國并非如此。自2004年以來，整個(gè)產(chǎn)業(yè)的利潤增長漸顯乏力，2006年同比增長僅11.1%，比當(dāng)年全國規(guī)模以上工業(yè)企業(yè)平均31%的利潤增速低近20個(gè)百分點(diǎn)。同時(shí)，醫(yī)藥工業(yè)的毛利水平逐步下降，從2000年的36.9%下降到2007年的31.1%；整體創(chuàng)利能力也在下降，百元銷售收入創(chuàng)利從2003年的9.37元人民幣，下降到2006年的7.95元人民幣；銷售利潤率從2003年的9.4%，下降到2006年的7.8%，2007年小幅上升至9.6%。但與之形式鮮明對比的是，全球財(cái)富500強(qiáng)中的制藥企業(yè)銷售利潤率在15%～16%左右，有的甚至超過20%，特別是2002年財(cái)富500強(qiáng)中前10家制藥企業(yè)的利潤總和（359億美元）竟然超過了其他所有490家企業(yè)的利潤總和（337億美元）。應(yīng)該說，我國醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)運(yùn)行效益不高與產(chǎn)品結(jié)構(gòu)、企業(yè)議價(jià)能力和同質(zhì)化過度競爭等因素有直接關(guān)聯(lián)。

　　產(chǎn)業(yè)發(fā)展受政策波動(dòng)影響大。醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)是受政府規(guī)制最多、最嚴(yán)的產(chǎn)業(yè)之一，也是受政策影響最深的產(chǎn)業(yè)之一。其中，宏觀政策影響因素包括醫(yī)療衛(wèi)生管理體制、醫(yī)療保險(xiǎn)及報(bào)銷制度、藥品價(jià)格管理體制以及藥品的注冊、生產(chǎn)和流通體制等等。國家在醫(yī)療服務(wù)和保險(xiǎn)方面投入的增加將直接推動(dòng)藥品市場規(guī)模的擴(kuò)張。根據(jù)新醫(yī)改方案提出的目標(biāo)，我國將實(shí)現(xiàn)新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度，建立覆蓋城鄉(xiāng)居民的基本衛(wèi)生保健服務(wù)體系。此舉將分別創(chuàng)造醫(yī)療服務(wù)需求400億元人民幣和500億～2900億元人民幣，以藥品收入占50%計(jì)算，分別增加藥品市場規(guī)模約200億元人民幣和250億～1450億元人民幣。